viernes, 11 de noviembre de 2022

Instalar OpenMPI en el /home/ del usuario Linux - ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi

Instalar OpenMPI en el /home/ del usuario Linux

https://lsi2.ugr.es/jmantas/ppr/ayuda/instalacion.php?ins=openmpi

OpenMPI

OpenMPIDescarga

OpenMPI es una implementación de la interfaz de paso de mensajes MPI. OpenMPI se caracteriza por su alta eficiencia y prestaciones para la ejecución en entornos distribuidos (clústers de ordenadores).

Web oficial: www.open-mpi.org

Instalación rápida (Ubuntu/Debian)

Vamos a explicar de forma sencilla los paquetes necesarios para su instalación en un sistema Linux/Unix basado en Debian (En concreto, Ubuntu). Los paquetes necesarios son:

openmpi-bin: Programa de ejecución de códigos paralelos (mpirun).
Instala: openmpi-common libopenmpi1.3
openssh-client, openssh-server: Programa de comunicación (rutinas de control y presentación) entre procesos.
libopenmpi-dbg: Generador de información de depuración para MPI.
libopenmpi-dev: Necesario para el desarrollo de programas basados en MPI (mpicc, mpicxx, etc).

Comando rápido

sudo apt-get install openmpi-bin openssh-client openssh-server libopenmpi-dbg libopenmpi-dev

Nota: En sistemas como Ubuntu, el gestor de paquetes se encargará de resolver las dependencias de los paquetes seleccionados, evitando su reinstalación e instalando (si fuera necesario) un compilador de C y C++. Además de las dependencias de los paquetes antes mencionados.

Instalación manual

Requisitos previos

1.	Es necesario tener instalado un compilador de C/C++ ANTES de realizar la instalación de OpenMPI.
2.	Es necesaria la herramienta Make.
3.	Tener la ultima versión de OpenMPI http://www.open-mpi.org/software/ompi

Podremos descargar una versión en tar.gz, tar.bz2 o en rpm.
Si tu sistema soporta rpm es altamente recomendable que descargues este paquete. En este caso la instalación es solo ejecutar el paquete mencionado, no será necesario realizar ninguno de los siguientes pasos.

Instalar el programa

La instalación se compone de 4 pasos

1.	Descomprimir el archivo openmpi-x.x.x.tar.xxx (Cambiar x.x.x por la versión descargada).

tar -xvf openmpi-*

2.	Nos situamos en la carpeta que habrá generado la descompresión.

cd openmpi-*

Configuramos el archivo de instalación (haciendo uso de los privilegios de superusuario correspondientes a su sistema operativo, no confundir con root) y nos vamos preparando un café, porque esto tardará entre 5 y 10 minutos (dependiendo del ordenador). Es necesario añadir en el prefijo el directorio de instalación que queremos para OpenMPI. Lo normal sería seleccionar de directorio de instalación "/home/[usuario]/.openmpi".

./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"

4.	Realizamos la instalación. Para ello necesitaremos la herramienta Make. Este es un buen momento para tomarse el café, u otro más, porque este paso tomará entre 10 y 15 minutos (dependiendo del ordenador).

make; sudo make install

Si todo ha ido bien, podemos pasar configurar OpenMPI.

Configurar OpenMPI

Necesitamos incluir en nuestro entorno de ruta la dirección "directorio_de_instalacion/bin" y a la variable de ruta de librerías "directorio_de_instalacion/lib/". Para sistemas que usen bash tendrán que utilizar export.

export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin";
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"

Para que la exportación de variables perdure para las siguientes sesiones y terminales, apuntaremos los comandos anteriores en el fichero de variables de entorno. Por defecto será "/home/<usuario>/.bashrc" para los usuarios de bash.

echo export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >> /home/$USER/.bashrc ;
echo export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" >> /home/$USER/.bashrc

Si todo ha ido bien, cuando ejecutemos mpirun nos soltará la ayuda de uso, al igual que al hacer mpicc.

Resolución de errores comunes

1. "Estoy en una distribución de Ubuntu o compatible moderna y el comando rápido no me funcionó, no se encuentra openmpi-bin"

Si estás seguro de que tu sistema debe tener el paquete mencionado, el error seguramente es por no tener los repositorios actualizados. Una forma de actualizarlos, si se utiliza el gestor de paquetes “apt” (Advanced Packaging Tool) es ejecutando el comando:

sudo apt-get update

Si no funciona, pasa a la instalación manual, genérica para todos los sistemas.

2. "En el paso 3, configure me dio un error"

Si es del tipo de error es similar al siguiente:

Es porque no tienes instalado ningún compilador. Es necesario instalar los compiladores que deseamos utilizar con OpenMPI ANTES de realizar la instalación del mismo. Instala antes un compilador para C/C++ (Por ejemplo el compilador de GNU gcc/g++ versión 4.4 o superior).

3. "Cuando ejecuto MPIRUN o MPICC me dice que no se encuentra el archivo o no está instalado"

Comprueba la configuración de las variables de entorno (Configuración en la instalación manual). En caso de que hayas hecho la instalación automática, también puedes realizar este punto de la instalación manual, poniendo como directorio de instalación el de por defecto (generalmente "/usr/include/openmpi/" para PATH y "/usr/lib/openmpi/lib" para LD_LIBRARY_PATH).

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